La Fédération nationale d’agriculture biologique (FNAB) propose une boite à outils pour les collectivités locales souhaitant protéger les zones de captages d’eau en y déployant l’agriculture biologique. Dans ce cadre, elle organise, depuis 2010, un atelier pilote "Eau & Bio" auquel douze territoires participent.

Pour aider au changement, la FNAB réalise plusieurs outils de suivi : tableaux de bord, fiches descriptives et cahier des charges. Ils donnent notamment des solutions et des pratiques culturales biologiques tel le maintien des surfaces en herbes qui réduisent les risques de ruissellement ou encore l’alternance des cultures sur une même parcelle qui permet d’améliorer la structure du sol.

En 2013, un premier bilan a été réalisé par la FNAB : huit territoires sur douze pilotes ont atteint l’objectif. La surface utile agricole biologique est ainsi passée de 0 à 6% en trois ans. A titre d’exemple, la ville de Niort s’est impliquée et propose des produits issus de cette agriculture qui alimentent les cantines scolaires de la ville ; aujourd’hui, ils représentent les trois-quarts des aliments bio fournis dans ces établissements.