Le premier semestre de l'année 2012 a été consacré à l'élaboration du dossier sommaire de candidature par l'EPTB Saône et Doubs. Ce dernier a reçu un avis favorable du comité d'agrément de l'agence de l'eau en octobre 2012. En 2013 a débuté l'élaboration du dossier définitif. La signature du contrat de rivière de la vallée du Doubs et des territoires associés a eu lieu le 7 juillet 2014 à Fraisans.

C’est l’EPTB Saône Doubs qui est chargé de coordonner les 189 actions prévues jusqu’en 2020 pour améliorer la santé du Doubs. Le budget total s'élève à 26 624 568 euros soit en moyenne un peu plus de 4 millions d’euros par an.

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