La bioindication désigne l'évaluation de la qualité des milieux à l'aide de bioindicateurs. Ces outils, existants sous forme d'organisme végétal ou animal (lichens, truite, ...), sont connus pour leurs capacités de sentinelles des milieux et font l'objet de mesure permettant d'indiquer la présence ou les effets des polluants.

En 2000, la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) a été adoptée et les bioindicateurs ont été instaurés comme des outils parfaitement appropriés pour juger de l’état écologique des milieux aquatiques. Dans ce cadre, la communauté scientifique s'est réunie en avril 2011 lors des journées "DCE et bioindication" du séminaire "Méthodes d'évaluation de l'état des eaux ? Situation et perspectives dans le contexte de la directive cadre sur l'eau".

Pour l'occasion, un ouvrage intitulé "Bioindication : des outils pour évaluer l’état écologique des milieux aquatiques" vient d'être publié. Il constitue une synthèse des avis scientifiques apportées lors de ces journées mises en place par l'Onema (Office national de l'eau et des milieux aquatiques) ainsi que des nombreuses discussions sur le sujet survenues pendant l'année 2012.